Je propose jabref que j'utilise beaucoup pour la gestion de documents pdf et autre.

JabRef
Développeurs The JabRef team
Environnements Multiplateforme
Langues Multilingue
Type Logiciel de gestion bibliographique
Licence GNU GPL
Site web http://jabref.sourceforge.net/
JabRef est un logiciel de gestion bibliographique libre qui utilise BibTeX comme format natif. JabRef fournit une interface conviviale pour éditer des fichiers BibTeX, pour importer des données à partir de bases de données scientifiques en ligne et pour gérer et effectuer des recherches sur des fichiers BibTeX.

JabRef est distribué sous les termes de la licence GNU GPL. L'application est programmée en Java et est maintenue pour Windows, Linux et Mac OS X.

Insertion de citations et de références bibliographiques dans Microsoft Word à l'aide d'une macro word.
Insertion de citations et de références bibliographiques dans OpenOffice.org Writer grâce à un greffon.