Pour le premier problème c'est peut-être à nouveau un bogue de fermeture de KFA lors des mises à jour :
normalement quand la Liberkey est lancée et que KFA est activé lkAppsVCheck.exe est capable après avoir récupéré les paquets lks de fermer KFA et la Liberkey avant d'installer les programmes.
En fait, avant que Vagabond, n'aie modifié le code du programme, sur certaines machines sous XP essentiellement, il arrivait que KFA ne se ferme pas avant les mises à jour et qu'il y ait le message : "Une erreur est apparue pendant l'installation de cette application."
Le plus souvent, effectivement, les données étaient correctement copiées.
Pour mémoire :
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Pour les répertoires en doublon c'est le plus souvent un problème du fichier Asuite.xml .
Vu le nombre de messages récents sur le sujet, je te laisse rechercher et consulter dans les forums les sujets qui en traitent.
Le problème est connu et le futur remplaçant de Asuite supprimera ce souci.
JP4U