Le Java portable n'est pas très compliqué en soit puisqu'il suffit de copier une install Java sur la clé pour potentiellement pouvoir en profiter, ensuite ce n'est pas parce que l'on peut lancer une appli Java qu'elle sera automatiquement portable, ca dépend des apllis.

D'une manière générale la marche à suivre pour lancer une appli est la suivante:
"chemin de l'install Java de la clé"\bin\java.exe -jar "appli.jar"
Ce qui peut être fait sans probléme dans les param de l'appli dans le menu MyApps de la Liberkey.

Attention à la méthode pendrive citée ci-dessus, elle ajoute un path vers l'install java de la clé pendrive, ca ne marchera pas avec la liberkey, la variable %~d0 n'étant pas définie. En plus c'est pas très propre (mais efficace).

Pour essayer d'illustrer une install pour la liberkey d'une appliX par exemple:
Installation de Java dans un rép Java dans MyApps soit \Myapps\Java
Installation de AppliX dans un rép AppliX de Myapps soit \MyApps\AppliX

Faire glisser l'exe java (situé dans le sous rép Bin de java) sur le dossier Myapps de la liberkey et ouvrez ensuite ses propriétés vous aurez le chemin suivant : $Drive\_LiberKey\MyApps\Java\bin\java.exe
Remplacez par ..\..\MyApps\Java\bin\java.exe pour respecter les standards de la liberkey
Ajoutez les param suivant dans la ligne paramétres: -jar ..\..\MyApps\AppX\AppX.jar

Attention, ca ne marche pas avec tout, typiquement pour Freemind la ligne de commande est bien plus longue car il faut lancer des librairies (voir le fichier bat livré avec l'appli) mais c'est un début d'explication pour ceux que ca tente.

Au passage sur portableapps.com ils ont un java portable et un launcher java, mais c'est trop limité. Le java portable n'est que l'automatisation de la copie en local d'une install java et le launcher n'accepte pas les paramètres ce qui est trop limitatif.

je suis pas sur de tout comprendre ....

Quelle partie ne comprend tu pas ?

quel sont les logiciel qu'on peut faire tourner sur un java portable ....

Dans l'absolu n'importe quel logiciel Java. En principe ce sont des logiciels multi-plateforme (Unix, Windows, Mac...)

Par exemple j'ai fait tourner Freemind, Hugin, JDownloader...

Les logiciels en question sont généralement avec des extensions en .jar, certains pouvant être packagé windows avec des launcher en .exe