J'ai eu ce message aussi je crois
Pendant longtemps, je coupais Windows comme un barbare.
Puis un jour je me suis dit que ça serait bien de prendre l'habitude d'utiliser LKEject pour faire les choses proprement, et puis pour prévoir le jour où j'utiliserais la Liberkey sur un autre poste (via clé USB).
Et là j'ai eu régulièrement des messages me disant un truc à propos du volume.
J'ai d'abord cru que c'était dû à mon disque 1To encrypté avec TrueCrypt. Mais pourtant couper TC ne pose aucun problème.
Quelquefois même LKEject bloquait sur certaines applis, sans raison (donc obligé de forcer la fermeture).
Tout celà avait comme conséquence qu'au redémarrage du PC, en lançant la Liberkey j'avais le message comme quoi les applis c'étaient mal fermées (avec parfois le bug du message vide qui plante la LK et oblige à utiliser un backup du asuite.xml)
Depuis peu, je n'ai plus de problème.
Je ne sais pas à quoi c'est dû, mais apparemment
le fait d'avoir copié ma liberkey sur un HDD (parce que sur USB ça ramait vraiment) a solutionné la question.